亲和层析（Affinity chromatography）是一种根据生物分子与其他配基分子之间特异性结合的原理来分离物质的层析方法。通过配基与目标分子之间的可逆结合来实现纯化目标分子的目的。亲和层析具有高选择性，而且能有效地保持生物大分子高级结构的稳定性，同时还具有对活性样品高回收率的特点，是当前最为理想的分离纯化蛋白的方法。
亲和层析原理
常用的生物亲和关系有：
配体类型 | 靶向分子 |
酶 | 底物、底物类似物、抑制剂、激活剂、辅因子 |
抗体 | 抗原 |
外源凝集素 | 多糖、糖蛋白、细胞表面受体 |
核酸 | 碱基互补配对的核苷酸序列、组蛋白、核酸结合蛋白等 |
激素 | 受体蛋白、载体蛋白 |
亲和素 | 生物素 |
钙调素 | 钙调素结合蛋白 |
Poly-A序列 | 带有poly(U)的RNA序列 |
谷胱甘肽 | GST融合蛋白 |
Proteins A and G | 免疫球蛋白 |
金属离子 | 多种融合蛋白 |
亲和层析介质是在交联琼脂糖上连接不同亲和配基构成的介质，由基质、配基和间隔臂三个部分组成。亲和层析介质按配基不同又可分为多种类型，比如Protein A和Protein G亲和层析介质，GST亲和层析介质，IMAC（金属螯合介质）亲和层析，Heparin（肝素）亲和层析介质等。
亲和层析介质结构
对于IgG的纯化，大部分情况下会选择使用Protein A或Protein G进行亲和层析。因为它们对于IgG的Fc段具有特异性的亲和作用。
其中Protein A是从金黄色葡萄球菌细胞壁分离的蛋白质，可特异性与人或哺乳动物抗体（主要是IgG）的Fc区域结合，主要结合亚类为IgG1、IgG2和IgG4。分为天然Protein A和重组Protein A。重组Protein A更耐碱性，且耐受蛋白酶。
Protein G是从G类链球菌中分离出来的胞壁蛋白。相对于Protein A，Protein G对于大多数哺乳动物的IgG有着更高的亲和力，尤其是对于IgG的亚基，如人IgG3，小鼠IgG1和IgG2a。因此，Protein G可用于纯化不能与Protein A很好结合的哺乳动物单抗和多抗IgG。
GST亲和层析介质是一种用于快速纯化谷胱甘肽s -转移酶(GST)标记蛋白、其他谷胱甘肽转移酶以及与谷胱甘肽有亲和作用的蛋白质的分离介质，可以快速纯化细菌、酵母、昆虫和哺乳动物细胞培养物中表达的GST标记蛋白。
IMAC亲和层析介质是基于某些过渡金属离子（主要是Ni2+、Zn2+和Co2+）与含有组氨酸（或半胱氨酸和色氨酸）的暴露氨基酸表面链之间的特定相互作用。IMAC用于纯化在细菌、酵母和哺乳动物细胞中表达的带组氨酸标签的重组蛋白，还可用于纯化某些天然的非标记蛋白质，例如干扰素、凝集素、抗体、血清和血浆蛋白、肽和肽激素。
Heparin亲和层析介质用于纯化对肝素有亲和力的生物分子，如抗凝血酶III、凝血因子和其他血浆蛋白、DNA 结合蛋白、脂蛋白、蛋白质合成因子、作用于核酸的酶和类固醇受体等。
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