临床FFPE（福尔马林固定的石蜡包埋样本）和穿刺样本，仍是目前医学领域和疾病诊断中的重要样本来源，能够为医学及药物研究提供精确和有效的病理信息。基于FFPE和穿刺样本开展差异蛋白质组学研究，可以充分利用罕见疾病或肿瘤等样本，研究疾病发病机制，发现与疾病诊断、分型、预后与治疗密切相关的生物标志物。
本文将简单总结利用FFPE和穿刺样本进行蛋白组学研究的三种研究路线的共篇案例。
蛋白表达研究：3篇案例
蛋白机制研究：1篇案例（Cell文章）
蛋白生物标志物研究：1篇案例
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蛋白表达研究案例一
利用皮肤穿刺样本研究复发性自发性颈动脉夹层的细胞外基质蛋白特征（IF= 8.77）
蛋白组学分析表明，单血管颈动脉夹层患者或多血管颈动脉夹层患者之间，或分别与健康对照组比较，均未发现差异变化蛋白，但复发性自发性颈动脉夹层患者和其他组相比，25种蛋白的表达有显著差异。通过文献检索和GO分析，其中13差异表达的蛋白在结缔组织的结构完整性中起主要作用，或者与结缔组织疾病有关。这些蛋白质显示聚集成胶原/弹性蛋白簇和由桥粒相关蛋白质组成的簇。
本研究揭示了复发性自发性颈动脉夹层的细胞外基质蛋白特征。从长远来看，作者的发现可能有助于识别有复发自发性颈动脉夹层风险的患者，从而指导治疗。
蛋白表达研究案例二
人心脏活检组织蛋白组学揭示无心房颤的扩张左心房的重构蛋白质谱（IF= 4.87）
人心脏活检组织蛋白组学揭示无心房颤的扩张左心房的重构蛋白质谱（IF= 4.87）
美国纽约大学研究者从7个二尖瓣脱垂(MVP)患者的瓣膜置换手术中获得了珍贵的心脏活检样本，包括右心房、左心房和左心室样本。这些患者的左心房扩张，但没有房颤病史。
在对全部样本的蛋白组学检测后，共得到了超过7000个蛋白，并发现了不同心脏组织区的特异性分子特征，这些特征反应了不同心脏区的特殊功能。同时，作者明确了从新收集的活检组织进行定量蛋白组分析优于尸检样品，因为后者中存在更多的非特异性蛋白降解。同时，作者还发现，与持续性房颤相关的蛋白质丰度增加并不是产生疾病状态的充分条件。心房和心室之间的蛋白质丰度差异主要源于基因调控水平，反映的是一种功能需求。
蛋白表达研究案例三
FFPE蛋白质组学研究揭示了一个保守的MSI-H结直肠癌免疫特征（IF= 4.87）
FFPE蛋白质组学研究揭示了一个保守的MSI-H结直肠癌免疫特征（IF= 4.87）
研究发现，在MSI-H而非MSS中过表达的蛋白质富集在免疫相关通路，特别是抗原处理和提呈。同时还发现，STAT家族蛋白中，只有STAT1在MSI-H肿瘤过表达，并且只有STAT1显示出与免疫相关过程的较强相关性。此外，研究者通过长期而非短期暴露于干扰素-γ的结直肠癌细胞系，在体外成功地重现了其中的一些变化。总体，作者的研究揭示了MSI-H结直肠癌中一个保守的免疫特征，并希望该发现能促进药物的进一步开发。
（来源：Novel Proteome Extraction Method Illustrates a Conserved Immunological Signature of MSI-H Colorectal Tumors. Molecular & Cellular Proteomics. 2020.）
蛋白机制研究案例
FFPE蛋白质组揭示黑色素瘤对免疫疗法的响应具有线粒体依赖（IF= 38.637）
FFPE蛋白质组揭示黑色素瘤对免疫疗法的响应具有线粒体依赖（IF= 38.637）
研究发现：响应组的氧化磷酸化和脂质代谢高于无响应组。脂质代谢是一种调节机制，通过提高抗原呈递来增加黑色素瘤的免疫原性，从而在体外和体内增加T细胞介导的肿瘤杀伤的敏感性。总体，作者的蛋白质组分析揭示了黑色素瘤代谢状态和免疫治疗反应之间的联系，可作为未来改善治疗响应的基础。
蛋白标志物研究案例
基于大样本FFPE蛋白谱获得的蛋白标志物组合能区分甲状腺结节的良恶性
西湖大学郭天南/李子青团队对931例甲状腺结节组织样品（包括发现队列FFPE样本n=579，回顾性测试阵列FFPE样本 n=288和前瞻性预测阵列穿刺样本n=64）进行了系统的蛋白质组学检测和分析。
最终经过机器学习测试和验证的蛋白标志物模型含有14个蛋白，具有良好的诊断能力，相关成果目前发表在预印版平台MedRxiv。
（来源：Protein Classifier for Thyroid Nodules Learned from Rapidly Acquired Proteotypes. MedRxiv. 2020）
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