Omicron新变种BA.4和BA.5成美国流行株,会是突变最后版本吗?-技术前沿-资讯-生物在线

Omicron新变种BA.4和BA.5成美国流行株,会是突变最后版本吗?

作者:苏州近岸蛋白质科技股份有限公司 2022-07-06T11:10 (访问量:5131)

2021年9月,SARS-CoV-2 VOC突变株Omicron在南非发现,目前Omicron包括:BA.1、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5 和后代谱系。此外,它还包括 BA.1/BA.2重组形式,例如 XE。根据美国疾控中心(CDC)近日发布的数据,Omicron新突变株BA.4和BA.5于4月首次由南非的科学家发现,截至到现在占据了美国新增病例的52.3%,超过了BA.2.12.1,成为美国流行突变株。

 

 

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图1. 来源于CDC官网[1]

 

 

Omicron突变株自从出现并迅速席卷全球,对疫苗和中和抗体的有效性提出了更大的挑战。由于刺突蛋白的多个突变,包括其受体结合域 (RBD) 和 N端结构域 (NTD),Omicron BA.1 可导致严重的中和抗体逃避。随后Omicron亚谱系BA.2在全球范围内迅速崛起,超过了BA.1。与BA.1的RBD相比,BA.2包含三个额外的突变,分别为T376A、D405N和R408S,并且缺少BA.1所具有的G446S和G496S。BA.1上的S371L也被BA.2中的S371F替代。重要的是,新的Omicron变体仍在不断涌现。最近出现的新Omicron变体包含与BA.2相同的RBD序列,但增加了L452和F486替换,即BA.2.12.1 (L452Q)、BA.2.13 (L452M)、BA.4 和BA.5 (L452R+F486V) [2]

 

 

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图2. SARS-CoV-2主要突变体发育树以及BA.2, BA.2.12.1, BA.4, and BA.5重要突变[3]

 

 

2022年6月17日,Yunlong Cao等人在《Nature》发表“BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection”研究论文,研究团队通过比较Spike 结构以及与受体ACE-2亲和力,结果表明BA.2.12.1和BA.4/BA.5表现出与BA.2相当的ACE2结合亲和力。但是,与BA.2相比,BA.2.12.1和BA.4/BA.5对来自3剂疫苗的血浆以及来自疫苗接种后BA.1感染的血浆表现出更强的中和逃逸能力。总之,研究结果表明,Omicron可能会进化突变来逃避BA.1感染引起的体液免疫,这表明BA.1疫苗增强剂可能无法对新的Omicron变种实现广谱保护[2]

 

 

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图3. Omicron各突变体的结构和受体结合特征[2]

 

 

 

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图4. BA.2.12.1、BA.4和BA.5表现出比BA.2更强的抗体逃逸能力[2]

 

 

2022年6月23日,发表在《Nature》上的一篇文章“What Omicron’s BA.4 and BA.5 variants mean for the pandemic”中写道:“实验室研究一致表明,疫苗免疫产生的中和抗体在阻断BA.4和BA.5效果方面不如阻断早期 Omicron菌株(包括BA.1和BA.2)有效。科学家们说,这甚至可能使接种过疫苗和加强免疫的人容易受到多种Omicron感染。即使是因接种疫苗和先前感染Omicron BA.1而具有混合免疫力的人,也会产生难以使BA.4和BA.5丧失能力的抗体。研究小组将其归因于变体的L452R和F486V尖峰突变[4]。”

 

 

Omicron可能会继续突变,新变体会在现有免疫系统中找到更多漏洞。东京大学的病毒学家 Kei Sato说:“没有人能说BA.4/5是突变的终止版本。很有可能还会出现更多的Omicron变体。”越来越多的科学家认为,包括Omicron和Alpha在内的变体可能起源于长达数月的慢性SARS-CoV-2感染,其中可以积累一系列免疫逃避和传播增强突变。目前还不清楚下一个变体何时出现。BA.4和BA.5仅在BA.1和BA.2几个月后开始在南非出现,现在这种模式正在英国和美国等地重复出现。但随着全球对反复接种疫苗和感染的免疫力的增强,瑞士伯尔尼大学的计算流行病学家Althaus预测SARS-CoV-2流行的频率会减慢[4]

 

 

Althaus还说,SARS-CoV-2的一个可能的未来是,它将变得像其他四种季节性冠状病毒一样,其水平随着季节的变化而起伏,通常在冬季达到顶峰,并且通常每三年左右会再次感染人们。“最大的问题是症状是否会变得越来越温和,以及长期COVID的问题是否会慢慢消失,”他说。“如果它保持现在这样,那将是一个严重的公共卫生问题[4]。”

 

 

近岸蛋白提供Omicron、BA.2、BA.2.12.1、BA.4、BA.5等多种突变株蛋白、假病毒和ACE-2过表达细胞株,可用于中和抗体/疫苗效价评估等。

 

 

近岸蛋白提供Omicron及亚谱系突变蛋白:

 

Cat. No.

Product Name

DRA214

Recombinant SARS-CoV-2 S Protein RBD (BA.2.12.1, C-6His)

DRA205

Recombinant SARS-CoV-2 S Protein RBD (BA.4&BA.5, C-6His)

DRA213

Recombinant SARS-CoV-2 S-trimer Protein (BA.4, C-6His)

DRA202

Recombinant SARS-CoV-2 S-trimer Protein (Deltacron, BA.1×AY.4 recombinant, C-6His)

DRA198

Recombinant SARS-CoV-2 S Protein RBD (BA.2, C-6His)

DRA199

Recombinant SARS-CoV-2 S Protein RBD (BA.2, C-mFc)

DRA200

Recombinant SARS-CoV-2 S-trimer Protein (BA.2, C-6His)

DRA190

Recombinant SARS-CoV-2 S Protein RBD (Omicron, B.1.1.529, C-6His)

DRA195

Biotinylated SARS-CoV-2 S Protein RBD (Omicron, B.1.1.529, C-6His-Avi)

DRA196

Recombinant SARS-CoV-2 S1 Protein (Omicron, B.1.1.529, C-10His)

DRA194

Recombinant SARS-CoV-2 S-trimer Protein V2 (Omicron, B.1.1.529, C-6His)

DRA197

Recombinant SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein (Omicron, B.1.1.529, N-6His)

 

 

 

自2019年新冠疫情爆发以来,近岸蛋白研发上线SARS-CoV-2系列产品上百余种,包括ACE-2S-RBDS-NTDS-CTDS-trimerNucleocapsid ProteinN-CTDN-NTDNSP非结构蛋白流行突变株蛋白N和S抗体中和抗体ACE-2过表达细胞株假病毒等,可用于新冠检测试剂盒研发、中和抗体/疫苗效价评估、病毒侵染细胞研究等。

 

 

SARS-CoV-2其他突变株蛋白:

 

Alpha

(B.1.1.7)

Beta

(B.1.351)

Gamma

(P.1)

Delta

(B.1.617.2)

Lambda

(C.37)

Kappa

(B.1.617.1)

Epsilon

(B.1.429)

Eta B.1.5

Mu

(B.1.621)

C.1.2

-

-

 

 

 

SARS-CoV-2假病毒和ACE-2过表达细胞株:

 

Cat. No.

Product Name

XCV01

SARS-CoV-2 (D614G)-Luciferase 假病毒

XCV02

SARS-CoV-2 (D614G)-GFP 假病毒

XCV03

SARS-CoV-2 (D614G)-GFP-Luc 假病毒

XCV04

SARS-CoV-2 Alpha (B.1.1.7, D614G)-GFP-Luc 假病毒

XCV05

SARS-CoV-2 Beta (501Y.V2)-GFP-Luc 假病毒

XCV06

SARS-CoV-2 Gamma (P.1)-Luc 假病毒

XCV08

SARS-CoV-2 Delta (B.1.617.2)-Luc 假病毒

XCV07

SARS-CoV-2 Epsilon (B.1.429)-Luc 假病毒

XCV09

SARS-CoV-2 Lambda (C.37)-Luc 假病毒

XCV10

SARS-CoV-2 B.1.620-Luc 假病毒

XCV11

SARS-CoV-2 Kappa (B.1.617)-Luc 假病毒

XCV13

SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529)-Luc 假病毒

XCV15

SARS-CoV-2 Omicron (BA.2)-Luc 假病毒(可预定)

XCV16

SARS-CoV-2 Omicron (BA.4)-Luc 假病毒(可预定)

XCC14

293-ACE2 Overexpressed Cells

 

 

 

N和S抗体:

 

Cat. No.

Product Name

DA027

SARS-CoV-2 NP Antibody (Human IgG1,6G9)

DA080

SARS-CoV-2 NP Antibody (10D6)

DA081

SARS-CoV-2 NP Antibody (9E5)

DA078

SARS-CoV-2 NP Antibody (7G9)

DA079

2019-nCoV NP Antibody (10E3)

DA044

SARS-CoV-2 NP Antibody (Mouse IgG2a,9C2)

DA049

SARS-CoV-2 NP Antibody (4A6)

DA028

Anti-SARS-CoV-2 NP ScFv (4A6)

DA029

Anti-SARS-CoV-2 NP ScFv-Fc (Human IgG1,4A6)

NC025

Anti-SARS-CoV-2 S1 mAb (5D9)

DA041

Anti-SARS-CoV-2 S Antibody (5E8)

DA042

Anti-SARS-CoV-2 S Antibody (2B7)

DA033

Anti-SARS-CoV-2 NP mAb (IgG&IgM Positive Control)

DA032

Anti-SARS-CoV-2 Spike mAb (IgG&IgM Positive Control)

DA043

Anti-SARS-CoV-2 S-RBD Antibody (9B2)

DA034

Anti-SARS-CoV-2 S-hIgG1 Neutralizing Antibody (Human IgG1,8A5)

DA035

Anti-SARS-CoV-2 S-mIgG1 Neutralizing Antibody (Mouse IgG1,8A5)

DA036

Anti-SARS-CoV-2 S-cIgG1 Neutralizing Antibody (Cynomolgus IgG1,8A5)

DA039

Anti-SARS-CoV-2 S-IgM Neutralizing Antibody (Human IgM,8A5)

DA040

Anti-SARS-CoV-2 S-IgA Neutralizing Antibody (Human IgA,8A5)

NIM-RM5220

Neutralizing Antibody Solution Reference Material against receptor binding domain (RBD) of SARS-CoV-2

 

 

 

参考文献:

 

1. CDC官网:CDC COVID Data Tracker: Variant Proportions

 

 

2. Cao, Yunlong et al. “BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection.” Nature, 10.1038/s41586-022-04980-y. 17 Jun. 2022, doi:10.1038/s41586-022-04980-y

 

 

3. Wang, Q. et al. Preprint at bioRxiv https://doi.org/10.1101/2022.05.26.493517 (2022).

 

 

4. What Omicron’s BA.4 and BA.5 variants mean for the pandemic



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