细胞污染是细胞生物学实验室中常见的情形。细胞污染通常分为微生物污染和真核生物污染。微生物污染指的是真菌、细菌、支原体等的污染。微生物污染容易辨识，可通过肉眼和利用显微镜观察培养基的颜色变化进行判断。细菌污染通常使培养基变黄，且显微镜下有小黑点，酵母污染的培养基变紫色，显微镜下可见透明成串的圆形斑。但支原体污染较难看出，因为支原体的生长较慢，因此很容易被忽略。真核生物污染是由于实验员操作不当发生的细胞系之间的交叉污染。为避免细胞污染造成深远的影响，细胞鉴定万不可少。
细胞系的鉴定主要围绕四个方面进行：
1、种系来源：常用技术包括STR分型，限制片段长度多态性（AFLP），染色体组分析，同工酶分析，人淋巴细胞抗原（HLA）分型。STR分型是最重要的种系来源判断手段。STR位点，又被称为微卫星，是3-7 bp的短串联重复序列，具有高度多态性，被称为细胞的DNA图谱指纹，因此可以进行STR分型，通过与专业数据库比对，判断样本所属细胞系，更多详情请阅读《一篇文章让你看懂STR分型技术》。
2、组织来源：常用技术包括形态学手段、免疫组化分析。形态学手段是利用不同组织可能具有特殊的形态学结构判断组织来源。免疫组化是利用标记的抗体定位组织特异性抗原来确定细胞的组织来源。
3、特异性功能检测：根据细胞种类和功能，采用特异性指标鉴定细胞。比如，腺细胞产生分泌蛋白或者激素。肿瘤细胞需要具备肿瘤组织的特性。
4、是否发生转化和恶变：常用技术包括核型分析、细胞生长行为观察（是否接触抑制）、裸鼠成瘤实验等。核型分析包括对染色体数目、形态、组成的研究，常用到染色体染色技术。核型分析可揭示染色体是否发生畸变、细胞功能、进化活动和分裂关系。长期传代可能会造成染色体畸变，因此需要定期检查染色体核型。正常细胞在培养过程中可能会转化，获得永生性或者恶型性。因此需要鉴定来区分正常细胞或者肿瘤细胞。
对于肿瘤细胞，需要鉴定其是否保留肿瘤组织的特性，因此需要进行一些鉴定步骤，包括集落形成实验、成瘤性检测和正常组织侵袭实验等。
a. 细胞集落形成实验：癌细胞株对培养条件的适应性较强、独立生存能力也较强，细胞集落率更高。因此可以通过测定细胞集落形成率，判断细胞的生长能力，从而判定是否为无限细胞系。
b. 成瘤性检测：将肿瘤细胞注射进入裸鼠体内，检测是否能在裸鼠体内形成肿瘤。
c. 正常组织侵袭实验：该实验是检测肿瘤细胞是否对正常组织具有侵袭和转移的能力。
d. 其他：其他还包括对于密度依赖生长特性改变（接触抑制）、分子水平特征的鉴定。接触抑制是判定肿瘤和正常细胞的重要依据。
干细胞的重点是检测细胞的多能性。常规鉴定方法包括核型分析、拟胚体（EB）形成分析、三胚层分化检测、碱性磷酸酶染色、多能性标志物检测和畸胎瘤检测等。
a. EB分化检测：EBs是人诱导多能干细胞的三维聚集物，即是干细胞多能性的标志。EB分化检测的流程是：将EB接种于含血清的培养基中自发分化，然后利用流式检测三胚层表面标志物，判定多能性。
b. 三胚层分化检测：分别将胚胎干细胞或者诱导多能干细胞向三胚层分化培养，分别检测特定胚层的标志物，从而判断其多能性。
c. 碱性磷酸酶（Ap）染色：未分化的干细胞会高水平表达Ap。通过对固定的干细胞染色，分化的细胞无色，未分化的细胞呈现紫色或者红色。Ap染色是一种低成本、简单快速的方法。
d. 多能性标志物检测：未分化状态的ES和iPS能表达特定的表面标志物，包括TRA-1-81、TRA-1-60、SSEA-3、SSEA-4、Nanog、SOX2、Oct4等。
e. 畸胎瘤检测：将一定数量的干细胞注射进入免疫缺陷小鼠体内， 4-12周后，多能干细胞能生成畸胎瘤。畸胎瘤包含了三个胚层的组织，可通过组织学手段检测。但是该方法耗时费力，费用大。